Do jubileuszu 500-lecia Fary bydgoskiej Proboszcz, Ksiądz Prałat Zbigniew Maruszewski, rozpoczął przygotowania w roku 1998. Zapoczątkował wówczas prace konserwatorskie w prezbiterium kościoła, a w latach następnych konsekwentnie dążył do odnowienia całości polichromii wnętrza. W kwietniu 2001 roku przystąpiono do dalszych etapów prac konserwatorskich w korpusie kościoła, kaplicy św. Krzyża i kruchcie południowej. Działania zostały poprzedzone rozeznaniem konserwatorskim pozwalającym ustalić pierwotną technologię wykonania i kolorystykę polichromii. W kościele wymieniono częściowo tynki - najbardziej zniszczone, zwłaszcza w części przyposadzkowej wymieniono na renowacyjne. Pozostałe osłabione fragmenty podłoża malarskiego wzmocniono strukturalnie. Dekoracje figuralne i ornamentalne uwolniono z przemalowań, uzupełniono ubytki i dokonano rekonstrukcji malarskich. Prace w obecnym stadium nie są jeszcze zakończone. W najbliższym czasie przewiduje się konserwację filarów, obramowań okiennych oraz kruchty zachodniej z podchórzem.