Fara bydgoska, macierz kościołów bydgoskich i sanktuarium maryjne, w którym od wieków kwitnie kult Najświętszej Maryi Panny, wybudowana została w latach 1466-1502. Z punktu widzenia architektonicznego jest czołową budowlą miasta, reprezentującą zdecydowanie późny gotyk. Choć wzniesiono ją w 2 pół. XV w., nic można jednak wykluczyć, że w jej murach, o zakładanym początkowo układzie bazylikowym korpusu, tkwią wcześniejsze fragmenty z l pół. XV stulecia, z okresu bezpośrednio po zniszczeniu pierwotnego drewnianego kościoła przez Krzyżaków w 1409 roku.

W XVI i XVII w. kościół nabiera tak charakterystycznej dla polskiej architektury formy, jaką nadawały budowlom gotyckim przebudowywane do niej kaplice. Pierwszą z nich (p.w. św. Anny) ufundował ród Orłowitów krótko po postawieniu murów świątyni (1515). Budowa trzech następnych przypada na pierwsze dwudziestolecie XVII w. W1605 r. Stefan Bogurski wystawił kaplicę p.w. św. Szczepana; w 1612 r. ród Rychłowskich sfinansował budowę kaplicy p.w. św. Jana Ewangelisty, oraz w r. 1617 wzniesiono z fundacji zamożnych mieszczan Łochowskich czwartą kaplicę p.w. świętych Fabiana i Sebastiana. Z czasem kaplice te przeszły pod opiekę cechów bydgoskich i pełniły funkcję kaplic cechowych Również wnętrze kościoła z upływem czasu zmieniało swój wygląd. Obok ołtarza głównego stawiano boczne. Już pod koniec XV w. ufundowano ołtarz p.w. św. Stanisława. W następnym wieku wzniesiono kolejne ołtarze - pod koniec tego stulecia było ich w kościele farnym 9,a w połowie XVIII w. liczba ich wzrosła do 15. W dziejach fary wiek XVIII zapisał się smutnymi zgłoskami. Miasto stopniowo się wyludniało, ludność ubożała, świątynia zaś popadała w ruinę. Dzieło zniszczenia pogłębił jeszcze czas wojen napoleońskich, kiedy to w latach 1806-1813 wojska francuskie i rosyjskie używały kościoła jako magazynu. Po wojnach napoleońskich fara znajdowała się w tak opłakanym stanic, że nie nadawała się do odprawiania w niej nabożeństw. W latach 1819-1830 przeprowadzono prace remontowe, przy czym rozebrano trzy kaplice znajduje się w całkowitej ruinie. Pozostawiono tylko jedną, wzniesioną w r. 1617 (dziś kaplica św. Krzyża). W tej późnorenesansowej, prostej budowli, należącej do licznej grupy kaplic kopułowych, jedynym ozdobniejszym elementem jest latarnia, opięta rzeźbionymi maszkaronami - jakby wyciszone echo dzieł manieryzmu gdańskiego.

W kościele farnym wznowiono Służbę Bożą dopiero w r. 1831. W pół. XIX w. był on jedynym czynnym kościołem katolickim. W nim skupiało się życie religijne bydgoszczan, ale również i narodowe - był niemal jedyną ostoją przed germanizacją. Tę rolę pełniła fara aż do początków XX wieku. W Polsce Odrodzonej, w latach 1922-1925 ówczesny proboszcz ks. Tadeusz Malczewski przeprowadził, po prawic stu latach, remont świątyni, w ramach którego wykonana została przez Henryka Jackowskiego polichromia wg projektu Stefana Cybichowskiego. W trakcie walk o wyzwolenie miasta w styczniu 1945 r. pociski armat poważnie uszkodziły kościół famy. W latach 1945-1949 ks. prób. Franciszek Hanclt odbudował go z wielkim pietyzmem. Mimo, że w okresie powojennym wybudowano kilka nowych kościołów, fara bydgoska, jeden z najpiękniejszych zabytków miasta, nic utraciła swego charakteru centralnego. W 1982 r. decyzją arcybiskupa gnieźnieńskiego Ks. Prymasa Józefa Glempa jest kościołem, przy którym rezyduje biskup - Wikariusz Biskupi dla Miast a Bydgoszczy. Jest również jedynym w mieście sanktuarium maryjnym, gdzie początki szczególnego kultu Matki Bożej odnotowane są już w końcu XV w. Kult ten związany był z umieszczonym w głównym ołtarzu obrazem, o którym napisał znawca sztuki polskiej: "jak się zdaje, jest to najpiękniejsza ze wszystkich znanych polskich podobizn Dziewicy". Obraz Matki Bożej z Różą, zwany też Matki Boskiej Bydgoskiej, ufundowany przez Stanisława Kościeleckiego, pochodzi z l ćw. XVI w. i reprezentuje sztukę późnogotycką. Przedstawia Najświętsza Maryję Pannę w pozycji stojącej, z Dzieciątkiem Jezus na lewej ręce i z pąsową różą w prawej, nieco wzniesionej ku górze dłoni. U stóp Madonny sierp księżyca rogami skierowany ku górze. W lewym dolnym narożniku, zmniejszona postać klęczącego mężczyzny - donatora we wzorzystym płaszczu, z modlitewnie złożonymi rękami. Wokół klęczącej postaci wijąca się szarfa z napisem: „Mater Dei memento mei” (Matko - Boża pamiętaj o mnie).

Kult maryjny w kościele farnym rozwijał się aż do rozbiorów Polski. Czynione przez zamożnych mieszczan fundacje uświetniały zewnętrzne jego formy, a liczne wota ofiarowane Matce Bożej przez wiernych świadczyły o doznanych tu za Jej pośrednictwem łaskach. Były wśród nich m.in. sznury korali i pereł, srebrny sygnet pozłacany z kamieniami szlachetnymi, ale również były wota w postaci figurek czy obrazków wykuwanych w blasze, obrazujących treść doznanej łaski. Te blachy przedstawiały m.in. rodziców oddających Matce Bożej uratowane dziecko, człowieka składającego w symbolicznym geście uzdrowioną rękę lub nogę, w jednym wypadku wotum zawierało insygnia miejskie, co miało zapewne związek z oddaniem się miasta pod opiekę Matce Bożej. Wot tych nagromadziło się tak wiele, że gdy w roku 1794 ofiarowano je na cele powstania narodowego, uzyskano za nie niebagatelną sumę 220 grzywien, czyli ponad 14 tyś. ówczesnych złotych polskich. Gdy na początku XIX w. kościół znalazł się w ruinie, kult maryjny również upadł, a z czasem poszedł w zapomnienie. Dopiero po przeszło stu latach, już w Polsce Odrodzonej ks. prób. Malczewski postanowił go przywrócić. Na jego prośbę w latach 1923-1924 prof. Rutkowski przywrócił obrazowi pierwotną formę, usuwając naklejone nań oleodruki i kilka warstw przemalowań. Farę zaczęły napełniać tłumy wiernych uczestniczących w nabożeństwach ku czci Matki Najświętszej Ten rozwijający się kult przerwał wybuch II wojny światowej. Obraz, w obawie przed zniszczeniem, wywieziony został w 1943r. i ukryty w kościele wiejskim w Mąkowarsku. Tu na skutek złych warunków uległ częściowemu zniszczeniu. Po wyzwoleniu trzeba było dokonać ponownej konserwacji, którą przeprowadził artysta malarz prof. Leonard Torwirt z Torunia. Obraz znów zajął swoje dawne miejsce i został otoczony należnym mu kultem, którego najokazalszym przejawem była dokonana w dniu 29 maja 1966 r. koronacja wizerunku Matki Boskiej Bydgoskiej przez ks. kard. Stefana Wyszyńskiego, Prymasa Polski przy współudziale ówczesnego metropolity krakowskiego, ks. kard. Karola Wojtyły, Papieża Jana Pawła II.