Pierwsza wzmianka o kościele pw. św. Idziego w Bydgoszczy pochodzi z 1346 r. Obecny kościół parafialny został zbudowany w murach miasta w latach 1466 – 1502. W XVI – XVII w. wzniesione zostały cztery kaplice fundacji mieszczan bydgoskich. Do dzisiejszego dnia zachowała się tylko kaplica św. Krzyża. W latach 1806 – 1813 kościół zamieniony został przez wojska francuskie, a później rosyjskie na magazyn. Odrestaurowany w latach 1819 – 1830. W 1831 r. wznowiono w nim odprawianie nabożeństw. W XIX w. w kościele tym skupiało się życie religijno – narodowe Polaków. W latach 1922 – 1926 wykonana została polichromia wnętrza przez H. Nostiz – Jackowskiego według projektu St. Cybichowskiego z Poznania. Jednocześnie przeprowadzono generalny remont kościoła. W styczniu 1945 r. w czasie działań wojennych został poważnie uszkodzony. W latach 1945 – 1952 dzięki staraniom ówczesnego proboszcza, ks. kan. Fr. Hanelta kościół został odrestaurowany. Świątynia stanowi w mieście jedyne sanktuarium maryjne, w którym kult Matki Boskiej odnotowany już w końcu XVI w. trwał nieprzerwanie do pierwszego rozbioru Polski. Wznowienie kultu miało miejsce w okresie międzywojennym. Kulminacyjnym momentem była koronacja obrazu w dniu 29 maja 1966 r. przez kard. St. Wyszyńskiego przy współudziale ówczesnego metropolity krakowskiego kard. K. Wojtyły.